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Maburaho cuenta la historia de Kazuki Shikimori, un estudiante de 17 años que proviene de una familia granjera de magos de poco nivel. El estudia en la Academia Aoi, una escuela de magos de élite donde se les enseña a dominar sus artes mágicas. La historia se basa en que los magos cuentan con un número determinado de veces que pueden utilizarla a lo largo de su vida, y si se llega a consumir toda su magia fallecen convertidos en polvo. Un mago normal cuenta con unas 1000 oportunidades, pero el número de oportunidades promedio en la academia ronda las 8000, y Kazuki solo cuenta con 8 oportunidades por lo que sus compañeros lo consideran un perdedor sin remedio. Esto cambiaría cuando se descubre que el desciende de una serie de grandes magos alrededor del mundo, lo que explicaría por qué ese potencial no se manifestó en él, sino en sus genes. Por lo que sus compañeras de clase, en especial Kuriko Kazetsubaki (La chica más popular de la academia, y una de las más bellas) y Rin Kamishiro (buscando restablecer el honor de su familia) comienzan una cacería por poseer sus genes. Además, aparece una tercera chica, Yuuna Miyama, quien quiere ser su esposa.
